Programmet ekspansjon:
|
bg |
Breddegrader – angis som heltall eller desimalbrøk mellom –90 (= 90°S) og +90 (= 90°N). |
bm |
Geografisk bredde i minutter – angis som heltall eller desimalbrøk mellom 0 og 60. |
bs |
Geografisk bredde i sekunder – angis som heltall eller desimalbrøk mellom 0 og 60. |
lg |
Lengdegrader – angis som heltall eller desimalbrøk mellom –180 (= 180°V) og +180 (= 180°Ø). |
lm |
Geografisk lengde i minutter – angis som heltall eller desimalbrøk mellom 0 og 60. |
ls |
Geografisk lengde i sekunder – angis som heltall eller desimalbrøk mellom 0 og 60. |
mgrs |
MGRS-koordinater – angis som tekststreng. |
zone |
UTM-sonen – angis som heltall mellom 1 og 60. (Norge vest for 12°Ø ligger f.eks. i sone 32.) |
band |
MGRS-belte – angis som bokstav mellom "C" og "X". (Norge nord for 64°N ligger f.eks. i belte W, Norge sør for 64°N i belte V.) |
id |
MGRS-identifikator for en 100 km-rute – angis som to bokstaver mellom "AA" og "ZV". |
east |
"Easting" (østlig posisjon) – angis som tall, men kan formateres som tekststreng. Betydning og tillate verdier er noe ulik i UTM og MGRS. |
north |
"Northing" (nordlig posisjon) – angis som tall, men kan formateres som tekststreng. Betydning og tillate verdier er noe ulik i UTM og MGRS. |
fylke |
Fylke – angis som tekststreng. Kan bare brukes for data fra Norge. (Denne variabelen gjør det mulig å bruke MGRS-koordinater, selv om angivelsen av sonen og beltet mangler i datafila. Strengt tatt er det tilstrekkelig å angi "Finnmark" eller "annet".) |
Koordinatene til Tromsø (69°39'5"N 18°57'19"Ø) kan dermed angis på følgende måter:
east
og north
lagres som
tekststreng heller enn tall.
Leses dataene inn fra en ekstern fil, gjelder følgende:
;
) eller komma (,
) brukes. Slike filer
kan lages i alle regnearkprogrammer ved å velge "lagre som"
("save as") og så angi "semikolondelt" (evt.
"kommadelt", "comma delimited") som "filtype".
(Betegnelsen kan variere avhengig av programmet og innstillingene.
Slike filer har vanligvis endelsen ".CSV" eller ".SDV".)'
). Forekommer slike tegn f.eks. i en
tekstkolonne, må tegnene enten erstattes eller kolonnen fjernes før innlesing.data
må være en tekststreng som angir datafilas
navn og plassering. Filplasseringa angis som en komplett bane i anførselstegn,
f.eks. ekspansjon(data="c:/aliens/data/art12.sdv")
.
Merk bruk av skråstrek (/
) istedenfor omvendt
skråstrek (\
)..
). Hvis semikolon
(;
) brukes som kolonneskilletegn, aksepteres også komma
(,
) som desimalindikator.
Eksempel:
Det er mulig å eksportere datasett fra Artskart, som kan brukes til å estimere ekspansjonshastighet. Trinnene er som følger:
t
, "Longitude" til lg
og "Latitude" til bg
.Og vipps, så kan fila tjene som innmating for ekspansjon.
Parameteren data
er forklart i detalj over. Alle resterende
parametere er valgfrie, men mtall
bør angis, og lagre
og p
kan være nyttige. Parameterne angis
adskilt med komma, etter mønsteret
ekspansjon(data="filbane/datafil", mtall=10, lagre=TRUE)
.
Desimaltall i innmatinga må bruke punktum som desimaltegn.
Her følger en kort oversikt over parameterne:
data |
Datasett med sted og tid av observasjoner. Dette er den eneste obligatoriske parameteren. Den er forklart i detalj over. |
mtall |
Mørketallet som gjelder for datasettets siste år,
angitt som én eller flere tallverdier. Det er en fordel
å angi et kvalifisert anslag på mørketallet, fordi det kan gi mer realistiske
estimater. Hvis én tallverdi blir angitt, leter programmet etter det optimale
mørketallet rundt dette tallet. Hvis to verdier blir angitt
[f.eks. som mtall=c(5,50) ], leter programmet etter det optimale
mørketallet mellom disse to tallene. Hvis flere verdier blir angitt
[f.eks. som mtall=c(2,3,4,5) eller mtall=2:5 ], prøver
programmet ut eksakt de spesifiserte mørketallene. Standardinnstillinga er
mtall=c(1,Inf) , altså alle tall ≥ 1. |
eksakt |
Sannhetsverdi som angir om det angitte mørketallet skal
betraktes som gitt. Ved eksakt=FALSE leter programmet i et intervall
rundt det angitte mørketallet. Ved eksakt=TRUE bruker programmet kun
det angitte mørketallet (men dette ignoreres om mtall er mer enn ett
tall). Standardinnstillinga er FALSE . |
p |
Tall eller tallvektor som angir håndtering av oppdagbarhetsrater.
Standard er p=1 og innebærer antagelsen at oppdagbarheten ikke
endrer seg over tid. Ved p=2 estimeres to oppdagbarhetsrater for
hvert sitt tidsintervall, der også selve bruddpunktet estimeres fra dataene.
Settes p=3 , prøves de to nevnte variante etter tur og den beste
blir valgt (basert på AICc).
Hvis p angis som vektor med lengde > 100, tolkes den som en
tidsserie med årlige verdier på innsamlingsinnsatsen, som begynner i år 1800.
Det som i så fall estimeres, er proporsjonalitetsfaktoren mellom
innsamlingsinnsats og oppdagbarhet. |
rask |
Sannhetsverdi som angir om estimeringa ved p=2 (eller 3)
skal være rask (standardinnstilling) eller fullstendig. Hvis det estimerte
bruddpunktet ser ut til å bomme totalt, bør rask settes
=FALSE . Parameteren ignoreres om p har en annen verdi
enn 2 eller 3. |
ny.obs |
Sannhetsverdi eller tall som angir om bare nye observasjoner er
angitt i datafila. Standard er ny.obs=TRUE og innebærer at
forekomster bare er oppført i året de observeres for første gang; forekomstene
antas i så fall å ikke forsvinne igjen. Skriv ny.obs=FALSE hvis
datasettet fører opp hver forekomst for hvert år av dens eksistens –
dette muliggjør modellering av arter som har delpopulasjoner med kort levetid
eller av arter som er utsatt for kontroll-/utryddelsestiltak. Ved efemere arter
(som ofte forsvinner i løpet av ett år), bør ny.obs settes til
−1 (i så fall produseres bare deskriptiv statistikk;
noen estimering av forløpet er foreløpig ikke implementert). |
mek |
[ikke implementert ennå] |
form |
[ikke implementert ennå] |
kart |
Sannhetsverdi som angir om et kart over observasjonene skal
vises. Standard er kart=TRUE . Skriv kart=FALSE
for å slå av visninga. |
hold.munn |
Sannhetsverdi som slår av beskjeder og advarsler hvis den settes lik
TRUE . (Ved hold.munn=-1 rapporteres flere detaljer.) |
lagre |
Sannhetsverdi eller tekststreng som angir om dataene skal lagres etter å
ha blitt transformert til bredde- og lengdegrader. Dermed slipper man å
transformere dataene ved hver kjøring av programmet. Tekststrengen må
i så fall angi filnavnet. Standardinnstillinga er lagre=FALSE . |
data.ut |
Sannhetsverdi eller bokstav som kan endre scriptets funksjonsverdi.
Ved data.ut=FALSE , som er standardinnstillinga, er det
ekspansjonshastigheten som er scriptets funksjonsverdi. Hvis data.ut=TRUE
eller data.ut="A" , blir sciptets funksjonsverdi endra til en matrise med de
årlige estimatene på forekomstareal, slik de fremgår av grafen. Matrisens kolonner er
aar (som inneholder årstall), prikk (som inneholder det
observerte forekomstarealet i et gitt år, dvs. grafens prikker), blaa (som
inneholder de tilpassa verdiene på kjent forekomstareal i et gitt år, dvs. grafens blå
linje) og roed (som inneholder de estimerte totale forekomstarealene inkludert
mørketall i et gitt år, dvs. grafens røde linje). Ved data.ut="r" blir
funksjonsverdien en matrise med de samme kolonnene, men med radius istedenfor areal.
Arealer blir angitt i km², radiuser i km. Husk at funksjonsverdien må tilordnes til en ny
variabel vha. pilsymbolet "<-", f.eks. datapunkt <- ekspansjon(...) . |
gamma |
Tall mellom 0 og 1 som angir konfidensintervallenes omfang
(γ). Standard er gamma=0.5 , som beregner kvartiler.
Med gamma=0.95 beregnes 95 %-konfidensintervaller. |
Flere parametere kan angis, men vil sjelden behøves. Hittil er implementert:
R
(jordens radius i kilometer; brukes ved estimering av
utbredelsesområdet; standardinnstillinga er den gjennomsnittlige radiusen til
WGS 84-ellipsoiden,
dvs. R=6371
),A0
(arealet til én rutecelle av forekomstarealet i kvadratkilometer;
standardinnstillinga er A0=4
),spraak
(tekststreng som tillater å skifte fra norsk til
engelsk utmating; tilsvarende eksisterer parameterne
dark.fig
= mtall
,
exact
= eksakt
,
fast
= rask
,
new.obs
= ny.obs
,
mech
= mek
,
map
= kart
,
quiet
= hold.munn
,
save
= lagre
og
language
= spraak
),dist
(tekststreng som bestemmer om optimaliseringa bygger på en
normal- eller binomialfordeling),DeltaAICc
(antall AICc-enheter som forskjellen mellom modellene må være
for at p=2
velges fremfor p=1
; standardinnstillinga er 0),kontr1
og kontr2
(lister med kontrollparameterne som
styrer optimaliseringa).
Før selve estimeringa produserer funksjonen en oppsummering av datagrunnlaget
og modellets antagelser (som kan slås av ved hjelp av parameteren
hold.munn
). Funksjonens verdi er et tall, som er populasjonens
ekspansjonshastighet i meter per år. Utmatinga som vises direkte på skjermen,
består av estimater (forventningsverdi samt nedre og øvre konfidensgrense) for:
NB: Utmatinga bruker ikke tusenskilletegn. Alle komma eller punktum i tall er altså desimalkomma.
Med ekspansjon menes her antall nye forekomster per tidsenhet (der "forekomster" er koloniserte 2 km × 2 km-ruter). Ekspansjon omfatter dermed enhver form for spredning eller forflytning av arten (uansett måte, årsak og spredningsvei, dvs. inkludert aktive og passive, naturlige og antropogene, tilsikta og utilsikta forflytninger).
Matematisk sett beskrives ekspansjonshastighet som den årlige radiusøkninga av artens forekomstareal (der radiusen beregnes som om forekomstarealet var en sammenhengende sirkel som inneholder alle forekomster og bare forekomster). Modellen som programmet er basert på, har blitt beskrevet av Sandvik (Acta Biotheor, 2019).
I økologiske risikovurderinger av fremmede arter ifølge GEIAA-metoden inngår ekspansjonshastighet som kriterium B på invasjonsaksen. Se Artsdatabankens Retningslinjer for økologisk risikovurdering av fremmede arter for utfyllende forklaringer.
Programmet ekspansjon er skrevet av Hanno Sandvik ved Senter for biodiversitetsdynamikk, NTNU (fra og med versjon 2.5 ved NINA).
Merk at denne siden beskriver programmets version 2.6, som har blitt erstatta av versjon 3.x.
Takksigelse
Uten de tallrike og detaljerte tilbakemeldingene fra Hanne Hegre hadde aldri programmet oppnådd den nåværende funksjonaliteten.
Oversikt over eldre og nyere versjoner:
p=2
ny.obs=FALSE
p=2
p=3
(AICc-basert valg mellom p=1
og p=2
)p=2
og p=3